備忘録的に私がよく使ってる店をメインで。

第一アメ横ビル

ボントン（2F/一番奥）

営業時間10:00～19:30 不定休
抵抗・ボリューム・スイッチその他諸々の一般パーツ多数。ICなどは店頭に並んでないので、店員さんに聞こう。
ボリューム用のツマミが妙に多い。見た目にこだわる人はここで探そう。
マイクや計器類、製作キットもあります。
パチンコの台から引っこ抜いたと思われる小型モニタや、スピーカーがめっちゃたくさん積まれています。
その他、用途不明なジャンク品多し。見てて楽しくなります（感想には個人差があります）
TOCOS TWE-Lite周りのワイヤレス製品、Raspberry Pi、Arduinoなども取り扱っています。

第二アメ横のタケイムセンが閉店してしまった今、マイコン系売ってる店ってひょっとして大須でここだけ……？

エイコー電子（1F/エスカレーターの南側）

営業時間10:00～20:00 定休日なし
端子・変換コネクタ・ACアダプタ・ケーブル類が多いです。
基板実装用ではなく、普通のRCAジャック→ピンプラグ変換コネクタとか、D端子・HDMI・VGAのケーブルとか、AVセレクタとか、そういうものです。
ベルデンなどのオーディオ用ケーブルのメートル売りもしてます。

ケーデーエス（1F/エスカレーターの北側）

営業時間10:00～20:00 定休日なし
電子部品の店ではないんですが、ある意味大須名物の、ジャンク品がとにかく沢山積み上がってる店。いつ行っても店の親父が何か直しています。
ワープロや8mmのデッキなど、ひとを選ぶ様なお宝があるかもしれない。
私はここでウォークマン（カセットテープ用のやつ）を500円で買いました。

第二アメ横ビル

パーツ屋はすべて1Fにあります。

大須パーツ

営業時間10:00～19:00 水曜休み
コネクタ類やヒューズ、ピンヘッダ、ピンソケット、圧着端子、ユニバーサル基板、ブレッドボードならこちら。
ケーブル類やワニ口クリップなどもたくさんぶら下がっています。
ケースや工具も（少なめですが）取り扱いがあります。

※2019-02-18追記
独立店舗だった海外通商/海外電商が第二アメ横に入りました。元々が広い店だっただけに、アメ横ビル内の1スペースではかなり無理矢理詰め込んだ感があります。
コメントで教えて下さった管理者Ahiさん、ありがとうございます。

第二アメ横のパーツ屋は、電化パーツ・大須パーツ・海外電商の3店舗になりました。

大須以外だと上小田井のマルツパーツがあらゆる方向に強めなんですが、ちっと遠いんですよね。

まだ行った事は無いのですが、金山にもRPEパーツというパーツショップがあるようです。